Eine Besonderheit der "Missa in C" ist die zyklische Anlage, ein Kompositionsprinzip, das Mozart innerhalb seines Messenschaffens in dieser Messe zum ersten Mal anwendet. Im "Agnus Dei" greift er auf die Motivik des "Kyrie" zurück und verleiht so der Messe musikalische Geschlossenheit. Eine weitere Besonderheit ist der volkstümliche Charakter des Werks. Er zeigt sich sowohl in den einprägsamen Themen als auch in der relativ einfachen musikalischen Struktur.